以2025年的日本为舞台，突然出现的未知威胁“机巧”对人类展开攻击，无数都市都化为废墟，人类被逼入绝境以在日本被发现的机巧残骸为契机，“东京机巧研究所”成为研究机巧兵器的据点。9年后，主力机巧投入战斗。驾驶员候补生就是本作的主人公佐神凛和少女御堂结纮，他们背负着人类未来的希望看，勇敢地挑战危险的战斗任务……